『ぼくたちの疾走』などの青春漫画路線から、『遥かなる甲子園』以降、聴覚障害者などを取り上げた作品を多く描くようになる。聾学校での重複障害の子どもたちを描いた『どんぐりの家』は、1997年に映画化され、社会的にも話題になった。また、漫画『どんぐりの家』は第24回（1995年度）日本漫画家協会賞優秀賞を受賞した。この作品がきっかけで、2000年4月から特別支援学校に重複障害児のためのクラスが設けられることになった。 　　また、『遥かなる甲子園』は、聾学校の野球部の子どもたちを、『わが指のオーケストラ』は、日本のろう教育の歴史を描いて、障害児教育へ一石を投じたものとして反響を呼んだ。彼のこうしたテーマへの取り組みの意図は、彼のエッセイ『どんぐりの家のスケッチ- 漫画で障害者を描く』（岩波書店 1998年）に読むことが出来る。 夭折した非凡の棋士村山聖の人生を基にした「聖-天才・羽生が恐れた男」を描くことになったきっかけは、妻が村山と同じ病気を患っていたことであった。その妻は連載中に亡くなっている。