宇宙世紀００８３。ジオンとの戦争終結から３年が経ち、コウ・ウラキ少尉はオーストラリアの連邦軍トリントン基地にＭＳパイロットとして配属されていた。そんなある日、テスト用に搬送されていた最新型ガンダム２機のうち１機が、彼の目の前で盗まれてしまう。しかもその機体には核弾頭が装填されていた！　残されたもう１機で後を追うコウだったが……。