2000年12月、「10daysbook」という電子書籍販売サイトを開設。2004年10月1日には現名称のeBookJapan に改称した。eBookJapanで販売される電子書籍の形式は、ながらく独自のEBI.Jフォーマットのみであったが、2012年末よりリフロー型の.bookフォーマット（ボイジャー）およびXMDFフォーマット（シャープ）に対応すると共に、同形式での電子書籍の取り扱いを開始した。2013年よりEPUBフォーマットにも対応している。 いち早く手塚治虫作品を電子書籍化したことを皮切りに、マンガを中心に約37万冊を販売する。ITmediaのレビューによれば、2015年5月現在はマンガが他の競合と比べてラインナップが豊富であるほか、競合よりも「明らかに」高画質であると指摘している。また、本棚に実物の本と同じ背表紙が表示されるのも独自の特徴である。他方、近年大幅に取り扱いを開始した一般書籍の読書補助機能などについては出遅れており、競合と比べても未だ不十分であるとしている。 【トランクルームサービス】 2007年10月1日サービス開始。利用者が購入した電子書籍データをクラウドサービスとしてeBookJapanの管理するサーバーに保管できるサービスとしては世界初のサービスである。 トランクルームに預ける電子書籍データは50冊までは無料で、50冊を超える場合は冊数に応じて年会費が必要であったが、eBookJapanでの電子書籍の累計販売冊数が1000万冊を超えたことをきっかけに、2011年1月18日より冊数制限無しの無償化となる。 購入した電子書籍データを「トランクルーム」に預ける（端末からアップロードする）ことで、別途登録された端末間で電子書籍データを移動できるようになる。長らく複数の端末に同時にダウンロードすることはできない仕様であったため、複数の端末で同時に同じ電子書籍の閲覧は行えなかった。しかし2014年2月18日より、特記がある商品をのぞき大部分の書籍で端末5つまでの同時閲覧が可能となった。 【EBI.Jフォーマット】 EBI.Jフォーマットは、イーブックイニシアティブジャパンが開発した電子書籍フォーマット。ebi.j、ebi-jといった表記も見られる。 文字データも画像として扱っているのが特徴。 EBI.Jフォーマットを閲覧するソフトウェア、アプリもeBookJapanで提供、配布されている。かつては、松下電器産業が販売した電子書籍端末シグマブックで「ebi.jブックリーダー」が採用されていたこともある。 ファイル拡張子は.ebi。