渡瀬美久は14歳になってからある少年との別れの夢を毎夜見るようになっていた。夢に出る少年そっくりの男秋津マサキが新しく担任となったある日、謎の鉄神（巨大ロボット）が学校に襲い掛かる。美久を助けると称してマサキが連れ去ろうとしたその時、鉄神Xダイバーで現れたクラスメイト築嶋真沙希、彼こそが美久の夢の少年の生まれ変わりであり、秋津マサキは美久の記憶を呼び覚まそうと変装した鉄神帝国ノイエ・ネマトーダの将軍ルギウスだった。25年の時を経て宿命の戦いが再び始まる。