舞台背景是明治時期，正值文明開化的帝都．東京。十六歲的少女倉橋鎮，其父親是個陰陽師，母親則是具有召神能力的「護法實」。她所背負的命運，是如何將身上的三柱「九十九神」操縱自如，解除東京陷入黑暗的危機…