故事述说一位名叫百鬼丸的男孩，因为父亲梦想称霸乱世，于是与四十八只魔神做出约定，将百鬼丸的身体分为48个部份，让魔神拿走。所以百鬼丸为了拿回自己的身体器官便出发讨伐魔神，途中遇上小偷多罗罗，展开与妖怪战斗的冒险。 故事中带有强烈的讽刺意味，例如战争不断，但只有平民百姓受苦；当百鬼丸替村民杀死妖怪后，反而被赶出村，表现出人情冷漠；而其中板门之卷带有讽刺柏林墙及板门店。