近卫刀太的父母在一次意外中双双身亡，之后，刀太就由他的师父雪姬抚养长大。在某天由追杀雪姬的赏金猎人将他杀害，在舔舐雪姬的血后，激发出刀太体内的不死之力，击退来犯的杀手。 　　此时，刀太才知道他和雪姬都是不死者，之后他们就离开了镇上，展开了前往首都的旅程。在途中，刀太又遇到了另一位有著不死身的伙伴时坂九郎丸，但九郎丸的真实性别到底是男是女？ 　　本作在动画版展开前后曾追加连载副标题“～魔法先生ネギま!2～”。