自らの生命の根源(ルーツ）に目覚め、戦闘的に変身（エボリューション）出来る“神人類”。教会に暮らす翔は、ハヤブサのピイたんを殺されたことをきっかけに、ファルコンをルーツに持つ神人類としてエボリューションするのだが…。世界支配をたくらむ神人類の組織“ネオ・ソサエティ”の野望を防ぐため翔の闘いがここに始まる！