西暦2030年。反ゲノム組織「まほろば」に裏切り者が。志乃（ユリカ）に恋慕する西城だ。「まほろば」による無明の兄・光明を救出する作戦は、ゲノム軍の中枢にまで知れ渡る。ところが、総統・二条憲政はすでに失脚しており、光明と手を組み復権を企てていた。