西暦3199年。地球は平和であり、「宇宙戦艦ヤマト」の物語も遠い過去の神話的伝説となって、人々の記憶からも消えようとしていた。そんな時、宇宙船「雪風」が巨大なブラックホールに飲み込まれ、船体の半分をもぎとられるという事件が起きる。生き残ったのは副長の古代進のみ。かつて放射能除去装置を取りにイスカンダルへ向かい、命を賭けてガミラスと戦ったあの古代進の32代目だ。古代は「今、運命の輪が巡ってきたのだ」と感じる(第1話)。●本巻の特徴/とうの昔に消失したと思われていた宇宙戦艦ヤマトは、密かに北極の深海に保存され、しかもグレードアップされていた。「ヤマトへきたれ」。そのメッセージを受け取った、かつてのヤマト乗組員の子孫たち、古代進、森雪、沖田艦長、佐渡先生らは、羽黒妖という謎めいた女性と共に、新ヤマトへ乗り込む。そしてさらには、あのイスカンダルのスターシアの娘が「志ある人は、新たなる大(グレート)ヤマトへ集いなさい」と、太陽系内外の全ての居住圏にいる地球人類に呼びかけていた。謎の移動性巨大ブラックホールの正体を突き止め、その先に待ち受けているであろう地球の危機を救えるのはヤマトしかいない。全宇宙をゆるがす新しい物語が今、新生ヤマトと共に幕を開ける!!