人と妖人（妖怪）が共存する日本。人間に害なす妖人が起こす事件解決のため政府組織「妖人省」に招集された半妖のざくろ・薄蛍・雪洞・鬼灯と、陸軍少尉の総角・利劔・丸竜の７人は、チームを組んで任務につく。ざくろたちは、名門女学校で起きている女学生連続失踪事件を潜入捜査中。先に潜入した薄蛍・雪洞・鬼灯は今や憧れの“お姉様”として大人気。一方ざくろは、総角の婚約者として、転入したのだが!?