舞台是《人机》之后三年，世界各地都出现了瞬间将整个城市毁灭的可怕事件，实际上，这是一个名为“虚无”的组织使用“人机”对世界各地进行攻击所造成的。为此，“天使”展开了对该组织的追击。而青叶的好朋友黄坂露伊，也作为莫利比特2号操纵者被一起卷进了战斗中。另一方面，在日本东京，失去了三年前全部记忆的女孩赤绪为了保卫朋友们，加入了“天使”，同“虚无”展开了战斗……