故事开始时间位于《魔法少女奈叶A's》的六年后，15岁的奈叶一行人的故事，描述“A's和StrikerS之间的空白片段”。第7话刊载之后间隔了两个月，第8话开始进入本篇接续StrikerS动画版，至第12话本篇结束。第13、14话相当于后日谈。