主角真嗣在第三新东京市与父亲·源堂、母亲·唯，一起生活。每天都跟青梅竹马的明日香一起上学，还有被同班同学冬二、剑介等人捉弄。某天，真嗣在回家途中遇到一位散发着神秘氛围的少女「绫波零」。后来母亲唯还告诉他，身为远亲的零要住在他们家！在首集中作者为了照顾广大的读者，特别绘制了穿着浴衣、泳装、运动服的零与明日香让读者一饱眼福，最后附赠的搞笑漫画也千万别错过了哦！ 　　第3新東京市で父ゲンドウ・母ユイと一緒に暮らすシンジ。幼なじみのアスカと一緒に登校してはトウジ、ケンスケにからかわれる日々を送るシンジは、ある日帰宅すると、不思議な雰囲気を持つ少女レイと出会う――。