自古流传的一句话：「月亮上有间腐朽的神社…一切的开端，都是从那裡开始的…」在久远前的天地大战的最后，有两名巫女──「日之巫女」与「月之巫女」封印了邪神大蛇。而今，事关永远的封印，神话的恶梦又将再度苏醒！世界的命运便托付在拥有巫女证明的来栖川姬子、姬宫千歌音，以及大神相马这三个人身上，他们将成为世界毁灭的最后关键。