就職活動に息詰まる主人公サイタマは、一人の少年とその命を狙う怪人カニランテに遭遇する。「ヒーローになりたい」という子供の頃の夢を思い出し、奮起したサイタマは怪人を倒し少年を救う。 それから三年後、そこには特訓の末に最強の力を手にいれ、頭髪がすべて抜け落ちたサイタマの姿があった。やがて、プロのヒーローとして活動するためにヒーロー協会へ加入。仲間のヒーロー達と共に怪人をはじめとする様々な脅威に立ち向かっていく。