主人公・基町走太郎ことランは、秋葉原の馴染みの店で奇妙なゲーム基板を発見し、その基板から「ALGO」という謎のメッセージを受け取った。それ以来ランと幼馴染みの理沙は、基板を狙う謎の刺客たちに追われるようになる。基板の中にいた異形の騎士「アルゴ」により危機を脱したランたちはやがて、コンピューターの向こう側にある別世界「電脳世界」の存在、そしてその世界により自分たちの世界が侵略されつつある事実を知る。