突如日本を恐怖で包み込んだ謎の巨大生物「震土」。多くの犠牲を伴いながらも、核爆弾の使用で動きを止めることに成功した。しかし、震土の発生を皮切りに世界各地で巨大生物が現れ始めた。そして再び日本にも...。戦地に駆り出された青年・獅堂大和は、持ち前の技術で活躍するも、圧倒的脅威を前になす術はなかった。そんな中、巨大生物対策特別本部・東雲が大和にある提案を持ち掛ける。怪獣に抗うため、人類が選んだ道とは‥!?