皇泉学園に新たな転校生がやってくる。北条恋歌、八田雪絵、エニグマ二式の３人である。彼女たちと共に救世機関探究部に入部した一斗は、新世界の謎を解くため""進化の塔""の攻略に挑むのだが!?