小学5年生の花丘イサミは、大江戸市にある祖父の家に母親と引っ越してきた。そこでイサミは自分と同じく新選組の子孫という同級生の月影トシ、雪見ソウシらと出会う。3人はイサミの祖父の家の土蔵から、ご先祖が残したという"龍の剣"と数々の発明品を手に入れ、悪の組織"黒天狗党"の打倒を託される――!!