第一次宇宙大戦での活躍が認められ、初の植民星を獲得した地球。自由を奪われた独裁国家で、政府高官を親に持つ鳳凰學（ほうおうまなぶ）は、ある日、植民星に設立された学校への入学を命じられる。幼馴染のヒナちゃんとの禁じられた自由を手にするため學は植民星の“ナヴィガトリア（最高指導者）”になることを決意するが!?