ヤマトに戻ってきたトキオ。ヤマトモリの面々と久々の再会を果たしたのも束の間、ゾラとの新たな戦いに向け、ある作戦が決行されようとしていた。超人の過去と現在そして未来がつながる戦いが始まろうとしている。超人であっても避けられぬもの、それは「痛み」だ。