SF大会の帰りに正体不明の巨大生物に出会った手塚治虫は、知り合いの紹介で命光一という少年の家に避難する。そこにも巨大生物が現れたのだが、別の巨大生物が現れて、戦いの末に倒してしまう。それらの巨大生物の正体は、デカンダーという悪の宇宙生命体と、それを倒すべく光一の変身したサンダーという宇宙生命体だった。