太平洋の深度200メートルの海底に、巨大な海底実験都市“ブルーシティー”が建設された。高名な海洋科学者の孫である船縁令とミカの二人も“ブルーシティー”へ来ていたのだが、ちょうどその時に宇宙からの隕石群が地球に落下する。その隕石に付着していた謎の病原体により、地上の人類は絶滅してしまう。生き残った“ブルーシティー”の人々のサバイバルが始まる。