在邪恶忍者组织「总会·辛迪加」的抗争中妻儿被杀的上班族「藤木户·建二」，被不详的「奈落·忍者」灵魂凭依。藤木户苏醒并化身为忍者杀手，投身于复仇之战中。在活体机械泛滥的近未来新埼玉，忍者杀手要只靠自己的空手道击破敌人！