ニンジャスレイヤーを一度破ったザイバツの強敵イグゾーション。荒野セキバハラにて繰り広げられる再戦の結果やいかに!?　キョートに向かう武装新幹線ではゾンビーニンジャ・ジェノサイドと邂逅！　ネオサイタマの歓楽街では、女子高生ニンジャ・ヤモトがサイコ殺人事件に挑む！　そして、ニンジャスレイヤーに協力する謎のニンジャの登場……シルバーキーとは一体何者か!?　赤黒の死神は、止まらない！　ザイバツ・ニンジャ、滅すべし！