甲賀の忍者・流サスケは、修行のために円妖斎の家に居候することになる。一方、伊賀の里では妖刀十六夜を巡って獣王院影丸が内乱を起こす。妖刀十六夜を持って逃げ延びた紅百合は、円妖斎の元を訪れるのだが、そこにも影丸が追いかけてくる。十六夜を手にしたサスケは、その刀の力で影丸を追い払うが、次々と影丸の刺客がサスケと美琴の前に現れるのであった。