世界的権威である志羽博士の息子・志羽竜樹の前に、ある日、父親が生前作ったという小さいアンドロイド・アリスが訪れる。アリスは、博士が残した遺産を竜樹に渡すといって、自宅の隠し地下室へ連れて行く。そこには巨大ロボット・バリオンが格納されていた。バリオンは、博士が開発したバリオンシステムの結晶であり、その技術を得るために闇組織・ハロウィーンがバリオンを狙っていることが明かされる。竜樹は、自分のために作られたバリオンを操縦してハロウィーンの刺客を倒していくのだった。