将軍家お家流・柳生新陰流の継承者である柳生連也は、優しい性格もあってなかなか剣の腕が上達しなかった。そんな中、アジア統一をもくろむベルガ帝国のジークが、柳生の剣を取り入れるために連也の姉・サヤカを攫っていってしまう。数年後、立派な剣士に成長した連也は、姉を連れ戻すために大陸へ渡り旅をしていた。その道中、ベルガ帝国の兵に追われるサーシャを助け、一緒にベルガ帝国の中枢に迫っていくのであった。