歴史修正主義者の標的は──新撰組。沖田総司の刀であった加州清光と大和守安定、土方歳三の刀であった和泉守兼定と堀川国広、そして近藤勇の刀であった長曽祢虎徹。かつての主を目にし、動揺する刀剣男士たち。しかしそこに歴史修正主義者が率いる時間遡行軍の気配が迫る。時間遡行軍の目的が分からない中、大和守安定がとった行動とは──。