鳳学園中等部２年生の天上ウテナは、いつも学ランを着て、自分をボクという女の子。ウテナは、ひょんなことから生徒会の決闘ゲームに巻き込まれる。決闘で女の子をやりとりするというそのゲームは、“世界の果て”が決めたことらしい。ゲームに参加できるのは、薔薇の刻印の指輪を持つ生徒会のデュエリスト。ウテナは、デュエリストの美少年、薫幹に出会い、彼が決闘を嫌っていることを知る。幹との出会いが、新たなる波乱を呼ぶことに。