这时候的日本，随时都有可能被称为幕府末期时代。一直掌握着权力的幕藩体制维持局，和对抗他们的神秘组织‧评议会之间的抗争越演越烈。 　　闇より現れ…邪悪を討つ！！いずれ幕末と呼ばれることになるのかもしれない日本。悪がはびこり始めた江戸の町に、四年の沈黙を破って「サムライガン」参上！！黒い仮面に鉄カブト、見たこともない新式の連発銃…。義賊とも逆賊とも噂される「闇の組織」が動き出す！！