社会の発展にともない、犯罪も凶悪化の一途をたどっていた――そんなある日突然、原子力発電所からプルトニウムが強奪された。闇の軍隊「フェニックス」と名乗る襲撃犯たちは、腐敗した日本に理想国家を築きあげるのが目的だとうそぶく。そして、そのために次々と兵器人間（ウェポノイド）を送り込んできた。一方、フェニックスの野望を阻止するために、日本武装警察（J.A.P）の戦士・コマンダー０が出動した！！