「見事に咲いた花ならば、心おきなく散り候え―」最愛の妹・響と決別した八郎。伊賀と甲賀を率いる若き棟梁達は、もう二度と相見えないはずだった。しかし、一度は退いたはずの異形の忍者集団・成尋衆が徳川二代将軍の死をきっかけに再び現世に現れた。動く城「叢雲」の五層に待ち受ける化物たちを斃し、この世に平穏を取り戻すため、甲賀五宝連と伊賀五花撰は死地へ挑む。