良家の子息が通う私立青桃院学園は、全寮制のアヤシイ男子校。運動部長・木葉隠の頼みで、剣たちは彼の実家の忍者の里に向かう。そこで木葉隠家所有の忍術秘伝書を、日本中の忍者から守ることに!?