舞台はキョートからネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョーム・ストリートに! 儚き美少女ニンジャ、ヤモトコキ参戦!! デスドレイン一味とのイクサに勝利したダークニンジャ、ザイバツにガンバルゾーの声が響き渡り、 とあるキョートの片隅では、青年カタオキがニンジャ、シルバーキーとして覚醒する! そして舞台はキョート、ガイオン・シティからネオサイタマ、ネオカブキチョのニチョーム・ストリートに! そこには街を密かに護るニンジャ、ネザークイーンがいた。 その正体は、ゲイバーを営むオネエ、ザクロ! このゲイバーにアンニュイな雰囲気を纏う美少女の姿があった。 名を、ヤモトコキ、彼女もまたニンジャである。 ニチョームを覆う陰謀を解決すべく動きだしたヤモトとネザークイーン。 そこへニンジャスレイヤーとシルバーキーが深く関わっていく……。 果たしてネオカブキチョに平穏は訪れるのか? そしてキョートからネオカブキチョに現れたニンジャスレイヤーの目的とは!?