妖怪をテーマにした作品であるが、登場する妖怪のほとんどは伝承上のものではなく、ゆでたまご自身または読者応募による創作である。本作でも『キン肉マン』や後の作品と同様に、読者から募集したキャラクターなどを作中に登場させる企画を行っている。本作では、妖怪のほかに主人公の使う特殊な道具「霊具」（グッズ）も募集した。 前半は現代日本の中学校を舞台とする。学校で怪奇事件が起こり、その原因である悪の妖怪を正義の妖怪である主人公が退治するという流れの、個々に独立した数話ごとの中編を繰り返す形式を取った。しかし人気が低下したため、妖の十三からは「決戦!! 日本妖怪vs西洋妖怪編」妖の二十三からは「決戦!! 日本妖怪vs西洋妖怪編PARTII」として日本妖怪と西洋妖怪のチームバトル物に路線変更した。