日本は、神々に「侵略」された。 神の居場所が「危険区域」となっている東京で、厳重に閉じられた柵の向こうを覗いていた少女・和花。友達に会うため佐賀から上京してきたという和花は、警戒にあたっていた研究員・時永と出会う。そしてこの出会いは、まもなく世界の運命を変えることになる……。