宇宙世紀の戦場に消えていった数々の名機たちにスポットを当てた、ミリタリーテイストな作品。ガンダムコミックの第一人者とも呼ばれる近藤和久としては初のガンダムエース連載コミックとなる。 　掲載誌を変えつつ10年近い連載にピリオドを打った近藤和久の前作「機動戦士ガンダム0079」終了後としては、初のガンダムコミックとなった。まずは「Zガンダムエース」(Vol.001)にてバニシングマシンのプレビュー的作品「プロジェクトZ」が掲載され、その後好評につきガンダムエース本誌にて連載が開始された。 　ガンダムエース2006年12月号をもって一旦連載は終了し、単行本がリリースされた(ただし単巻扱いのため第1巻のナンバリングはされていない)。近藤はその後同誌上にて「オペレーショントロイ」の連載を行い、その「オペレーショントロイ」終了後、再び「新バニシングマシン」として連載が再開され、単行本第2巻以降がリリースされることとなった。 　第1巻の「バニシングマシン」は各話完結でMSやメカにスポットが当てられていたが、第2巻以降の「新バニシングマシン」では、計3編のショートストーリーが描かれている。