都会の高校に通うため田舎から出てきたユウは、その初日、怪物と少女たちとの戦いに出くわしてしまう。少女たちは世界を滅ぼす不条理と戦う『魔法少女』であり、そこでユウは「魔封使い」という不条理を実体化させる力を持っていることが分かる。少女たちの通う皐月宮学園に転入することになったユウ。学園に通うのは皆、魔法少女なのだが、彩芽はライフル銃、諸葉は日本刀、アニタはジェット機など、身も蓋もない現用兵器を「魔法の杖」として戦っているのだという。そして「暴走する黒犬」の都市伝説にまつわる不条理が発生し、その阻止へ向かうが―!?大人気魔法少女育成RPG「ウィッチ・アームス」小説版!