“非公認魔法少女”―それは使命を果たしたあともなお闘い続ける少女たち。高校生・牧瀬琢磨の彼女、美守ほのかは、かつて伝説と謳われ、任期後も傭兵として戦う“非公認魔法少女”だった。ある日、彼女は自分を訪ねてきたかつてのパートナー、ミケルから「三億円と引き換えに、闇に堕ちた魔法界を救う」という依頼を打診される。そしてほのかと琢磨が知ったのは、ほのかに力を与えた“星”の魔法界の女王が悪に堕ち、さらには現役の公認魔法少女たちまでもが根こそぎ悪に堕ちたという絶望的な状況で…終わり損ねた魔法少女たちの、血で血を洗う戦いが始まる。