西暦2040年に第三次世界大戦が中国大陸で勃発。人々はこの戦いを「斉天大戦（せいてんたいせん）」と呼んだ。西暦2044年、運び屋をする主人公・護国寺大和は、蛟龍という青年軍人から仕事の依頼を受ける。それは彼と、彼がバグと呼ぶ女を、飛空挺で天宝山まで運ぶという物だった。だが米国連合の追っ手の襲撃を受ける。戦いの最中、大和はヤマト・セイクンという巨大ロボットにパイロットとして登録されてしまう。大和は否応なしにセイクンをめぐる争いに巻き込まれていく。