大首領ＪＵＤＯを倒すため、ＢＡＤＡＮが人類と仮面ライダーに持ちかけた共闘は、決裂した。しかし、村雨良だけはＢＡＤＡＮへと赴く意思を表明した。　一方、大首領ＪＵＤＯは、ＢＡＤＡＮと仮面ライダーたちに対し、配下のデルザー軍団を派遣した。サザングロスを圧縮・吸収し、変貌する暗闇大使をジェネラル・シャドウが追い、ＢＡＤＡＮに与した村雨良＝仮面ライダーＺＸがドクロ少佐の前に立ち塞がり、戦いの幕は開いた！