「ウルトラマンは善なのか悪なのか…」 悩む進次郎のもとへN.Y.にいるはずのレナが現れる。 突然の来訪に浮かれる進次郎だが、 レナは何か相談したいことがあるようで…。 一方その頃、異星人による連続殺人事件が発生していた。 この事件を巡り、科特隊、警察のみならず 謎の民間科学捜査機関も動き始めていた――。