宇宙世紀0094年、宇宙でガンダムデルタカイの実戦テストがおこなわれる。この機体には、一般兵士でもニュータイプの能力を扱えるという「ナイトロ・システム」が搭載されている。関節部から蒼い炎を放ちながら、圧倒的な力を見せつけるデルタカイ。しかしテスト・パイロットは別人のように攻撃的な性格に変わっていく（第0話）。 場所は変わり、ブレイアとイングのリュード兄弟が所属する地球連邦軍マリアナ基地に、アグレッサー部隊「レイヴン」が到着する。翌日、基地のMS隊と模擬演習をおこなうが、突如レイヴン隊のMSが実弾での攻撃を開始する。実は先のデルタカイの実戦テストの相手を務めたのはレイヴン隊隊長のピコ・アルティドールであり、戦闘はマリアナ基地の「エリアX」で極秘裏にテストが続けられていたデルタカイが目的であった。デルタカイのテスト・パイロットを務めるイングは、この戦闘にデルタカイを持ち込む。しかしナイトロにより暴走状態となってしまい、敵味方構わず攻撃を加える。ピコにより暴走は抑えられるが、デルタカイはイングの操縦によりレイヴン隊とともに飛び去ってしまう。 その後、ブレイアを含むマリアナ基地のパイロットたちは「フレスベルク」隊となり、野盗の鎮圧に当たる。そしてオーストラリアにある元ティターンズ関連の武装組織の本拠地「デビルズ・ネスト」制圧の任に就くが、レイヴン隊も同じ場所に向かっていた。そこに集められたティターンズのMSに混じって、昔のナイトロ試験機とその関連データも持ち込まれていたからである。イングはレイヴン隊の一員となっているが、ナイトロの影響で性格が攻撃的に変わってしまっていた。さらにレイヴン隊はのちに「袖付き」と呼ばれるネオ・ジオン残党軍のフル・フロンタル大佐から2機のMSと、ルガー・ルウほかパイロットの提供を受ける。 レイヴン隊はフレスベルク隊とは別に内部からデビルズ・ネスト制圧にかかるが、イングのデルタカイはフレスベルク隊の支援に回る。兄弟の再会もつかの間、イングはナイトロの影響で戦闘中に意識を失ってしまう。ブレイアは代わりにデルタカイに搭乗するが、ナイトロの影響をまったく受けることなく乗りこなす。一方、施設に潜入したレイヴン隊はナイトロの「根本」が宇宙にあることを突き止める。しかし、その直後に初期型のナイトロを搭載したサイコ・ガンダムとサイコ・ガンダムMk-IIが起動。強大な力でフレスベルク隊を圧倒するが、デルタカイと、イングがブレイアの代わりに搭乗する量産型ΖΖガンダムの2つのハイ・メガ・キャノンによって倒される。しかし量産型ΖΖガンダムはオーバーロードにより自壊、イングは戦死する。 時は流れ、宇宙世紀0096年。フレスベルク隊は宇宙に上がり、レイヴン隊と合流する。同じ頃、「インダストリアル7」でユニコーンガンダムが実戦参加し、ナイトロ・システムは再び日の目を見る。ブレイアは、亡きイングに「ケジメをつけに行く」ことを誓う。