東京23区で不審な事件や怪現象が起こる中、新宿の中学に通う少年・ハチは、幼馴染の少女・テッキンと共に日常を過ごしていた。そんな中、突如現れた怪物にテッキンが襲われ、ハチは自分もまた怪物の同胞「半神（ハーフ）」であることを知り、その力を目覚めさせる。それから間もなくして東京を半神が闊歩し、テッキンは半神に連れ去られ、抵抗したハチは倒されて意識を失う。半年後、ハチは怪我から回復して目覚めるが、東京23区は半神たちに支配され、様相が大きく変貌した「東京23宮」になっていた。