剧情讲述在罪恶都市化的东京兴起的忍者小队（Squad）的故事。 2049年、東京。 政府が打ち出した「ガラパゴス改革」により、 ロシア・中国・アメリカと日本を繋ぐハイパーループが開通。 グローバル化を意図したその政策は 東京を世界一の犯罪都市へと変えた。 犯罪率の上昇に伴い、 裏社会では戦国の世から続く奴らの存在が認知され始めた。 それが― 忍。