高校生の倫太郎には子供の頃、大好きな《兄》を失った悲しい思い出がある。《兄》の失踪宣告が成立した日、倫太郎は《兄》の好きだった水族館に行き、そこに「海底二万哩」という名のカフェの扉を見つけるが……。 僕、来栖倫太郎には大切な思い出がある。それは7年も前から行方がわからない大好きな“大空兄ちゃん”のこと。でも兄ちゃんは見つからないまま、小学生だった僕はもう高校生になってしまった。そんなある日、僕は池袋のサンシャイン水族館で、展示通路に謎の扉を発見する。好奇心にかられて中へ足を踏み入れると、そこはまるで潜水艦のような不思議なカフェ。しかも店主の深海は、なぜか大空兄ちゃんとソックリで…!?