ゴジラに遭遇した討伐作戦部隊は、多大な犠牲を払いながらも、シールド発生源の特定に成功。部隊の指揮を委ねられたハルオは仲間を鼓舞し、ゴジラ殲滅戦を開始する。だが、作戦が成功したかと思われたその時──…!?