魔導師によって武装した列車はテロリストの手に渡った核爆弾を乗せ、東京の地下路線にその姿を現した。首都壊滅の事態を阻止するため、《公館》は稼働する専任係官を招集し、総力を挙げて核爆弾奪取に動き始める！